La primera aldea sedentaria, constituyó uno de los 13 asentamientos descubiertos hasta ahora en Tlaxcala. Se calcula que la población total de los 13 asentamientos ascendía aproximadamente a 3 500 habitantes. Esta localidad debió formarse entre los años 1800-1700 al 1 200 a.c., con agricultores que formaron una pequeña aldea.
En un sitio conocido como Los Cerritos de Natividad, al oeste de la actual ciudad de Huamantla, fueron encontrados vestigios de una villa. Los arqueólogos del INAH han descubierto y explorado tres sitios en el municipio de Huamantla, terrenos adyacentes a los ejidos de Xalpatlahuaya, Los Cerritos de Natividad y de la Loma de San Dieguito. Estos tres asentamientos de la llanura de Huamantla formaron parte de los 14 pueblos donde se concentró el poder político, económico y religioso de manera regional, controlando las villas, aldeas y estancias que se localizaban a su alrededor.
No se dispone de los cuadernos de campo elaborados por los arqueólogos que han explorado los sitios conocidos como Los Cerritos de Natividad y de Loma de San Dieguito en Huamantla, los cuales permitirían una descripción de las técnicas de construcción que usaron los habitantes de Huamantla. Estos tres sitios muestran un desarrollo urbanístico, consistente en la disposición de plazas limitadas por altas estructuras piramidales, calles internas perfectamente trazadas y plataformas de menor tamaño para zona residenciales de los líderes o principales.
Pese a que el corredor teotihuacano se bifurcaba en Huamantla, siguiendo dos caminos: uno hacia el actual municipio de El Carmen Tequexquitla y de ahí a la Sierra Blanca por el norte de Perote; el otro camino seguía rumbo al sur, hacia Acatzingo, Puebla, para continuar a Tehuacán, rumbo a Oaxaca. En ninguno de ambos caminos existen testimonios de que hubiera, en espacios del actual municipio de Huamantla, alguna población teotihuacana importante
La Inmigración Otomí, seún el códice de Huamantla, en el cerro de Tiltepec, combaten con los otomiés de Atlangatepec, que habían llegado con anterioridad, desarrollando la cultura Tlaxco. Estos les impiden el paso. Los recién llegados derrotan a los otomiés de Atlangatepec. Con esta victoria ganan el derecho de paso y el reconocimiento de los tlaxcaltecas teochichimecas, quienes les permiten cruzar el río Zahuapan y seguir su camino, llegando a establecerse en el sureste de la gran Matlacuayetl y sureste del río Atoyac. Lo único comprobable, por los vestigios dejados en los asentamientos de la cultura Tlaxco, es que las primeras inmigraciones otomiés a Tlaxcala ocurrieron en el año 900 d.c., y posteriormente siguieron varias oleadas migratorias, que dan origen a las poblaciones otomiés en el Valle de Huamantla.
El señorío de Tliluhquitepec desapareció antes de la llegada de los españoles, lo que no ocurrió con Atlangatepec y Tecoac. Este último, por haberse situado en Huamantla, merece particular atención. Actualmente en Huamantla existen varios poblados con el nombre del señorío de Tecoac: San Francisco Tecoac, Francisco Villa Tecoac, Francisco I. Madero Tecoac y Arroyo Tecoac. Todos al oriente del arroyo Quimicho.
Los otomiés cultivaban maíz, chile, frijol, tomate y aguacate. Especial cuidado tenían con el cultivo del maguey, del que se extraía el líquido con el que se elaboraba el pulque que se consumía en las celebraciones religiosas y para estimularse antes de entrar en combate. Aprovechaban la madera del bosque de las faldas de La Malinche, obteniendo leña para el fogón y teas para la iluminación. Entre los trabajos artesanales se encontraba la producción del papel amate que se obtenía de la corteza del árbol del jonote blanco y colorado. En la artesanía destaca el ejido, donde las mujeres otomíes mostraban una habilidad excepcional. Finalmente, había que citar la alfarería con la variedad de ollas, comales, tecomates, cajetes, copas y platos de barro que se producían.
La Colonia: Por instrucciones del virrey don Antonio de Mendoza, el gobernador de Tlaxcala, en presencia de los caciques, señaló el lugar para erigir el pueblo de San Luis Huamantla, dando posesión de los solares correspondientes a los fundadores nombrados por su majestad, señores: don Juan Maldonado y Paredes, Juan Rafael Tenorio, don Alonso Muñoz Camargo, don Francisco Lucas García, don Eugenio Leal Chocolatzin, don Diego Guevara y don Juan de Aquino.
De esta manera Huamantla se asentó, teniendo cómo deidad protectora a la Matlalcuéyetl o "sierra de las faldas azules". El lugar escogido para erigir la ciudad de Huamantla estaba bien dotado de recursos naturales y de un suelo fértil, pues tenía muchos campos para ejidos y montes, y aunque era tierra fría, producía. Al paisaje donde se fundó Huamantla, los otomiés llamaron Matlacuayetl o sierra de las faldas azules a "una sierra sola, redonda y llana"
Huamantla por ser parte de la provincia realenga de Tlaxcala, debía ser habitada únicamente por tlaxcaltecas y otomíes, de conformidad con la real cédula que en 1535 había otorgado el emperador Carlos V a la embajada tlaxcalteca que había encabezado el Tlaxcala. Sin embargo, el privilegio y la promesa real sería quebrantada; primero, por el virrey don Antonio de Mendoza, y después sería desconocida por Felipe II, sucesor de Carlos V. El virrey don Antonio de Mendoza otorgó varias mercedes de tierras a españoles entre 1539 y 1543.
Entre éstas destaca la otorgada a Diego Muñoz de Camargo, padre del historiador de Tlaxcala, en el Valle de Atzompa y la de Juan Ochoa de Lejalde en Nopaluca, ambos en los valles de Huamantla. Además de estas mercedes otorgadas a españoles en Huamantla, había otras más en otras partes de Tlaxcala, provocando la inconformidad del Cabildo, quien en 1552 envió una embajada a España, llevando consigo un Yaotlancuiloli, "pintura de guerra", conocido más tarde como el Lienzo de Tlaxcala.
En el caso particular de Huamantla puede decirse que la penetración española fue vía el mercado de bienes raíces y por transacciones que realizaron las grandes casas señoriales, tanto de las huehuecalli, como de las pilcalli y teccalli. A fines del siglo XVI encontramos en Huamantla a los siguientes estancieros y labradores españoles: Alonso Martínez de la Morena, con una estancia de ovejas en Tecoac; Rubén Arias, Diego López Coo y Juan Arias de Villa Verde, con grandes labranzas de trigo y tropas de carreteras (Arias era dueño de un molino en Tecoac); Francisco Luis, con labores de trigo y maíz y otras granjerías de mediana escala, casado con doña Catalina de Castro, de la cabecera de Tizatlán, heredera de grandes extensiones de tierra con terrazgueros a Huamantla; Diego Muñoz Camargo propietario de varias fincas rurales en Huamantla; Matías del Portillo dueño de estancias de ovejas y el canónigo Alonso Hernández de Santiago, también dueño de estancias de ovejas. La penetración española impulsó una agricultura mercantil, sobre todo en Huamantla, que se convirtió en el siglo XVII en un dominio de labradores españoles.
La construcción de los conventos se inició en abril de 1567, en Huamantla, Ixtacuixtla y Hueyotlipan. Para 1569 los frailes residían en las instalaciones conventuales. Huamantla como heredera de la cabecera de Tizatlán, recibió a los primeros franciscanos en 1567, iniciando la construcción del convento en ese año, bajo la dirección de Fray Pedro Meléndez. Hacia 1585 el convento fue concluido, contando con claustro alto y bajo, dormitorios, celdas y jardines, y un ingenioso sistema de abastecimiento de agua. El fervor religioso de la ciudad de Huamantla se manifestó con la construcción de las once ermitas e iglesias de visita que fueron eregidas, en la medida en que la ciudad se fue conformando. De ésta manera, se construyeron las capillas de los barrios de El Calvario, La Trinidad, La Santa Cruz, San Miguel, San Juan, San Francisco, San Sebastián, Santa Ana, San Antonio, La Caridad y San Diego. Las iglesias de visita correspondieron a las poblaciones de San Juan Ixtenco, San Pablo, San Lorenzo, Cuapiaxtla, Santiago Xaloztoc y San Nicolás.
La disputa entre el clero regular y secular por los conventos, iglesias, objetos sacros, imágenes, organización de fiestas religiosas etc., y la campaña de mutuo desprestigio en que se enfrascaron también incluyó a los indígenas, quienes sufrieron las consecuencias de la represión, por parte del clero secular, que a la larga se impuso sobre el clero regular.
Los indígenas de Huamantla manifestaron que los párrocos incumplían sus promesas de buen trato, pues se negaban a enterrar a sus difuntos en la parroquia, por lo que se veían obligados a llevarlos al convento franciscano de manera clandestina y por la noche, donde sí eran aceptados para recibir cristiana sepultura. Agregaban que muchos morían sin confesión, porque algunos párrocos no conocían la lengua otomí, además de haberse apoderado de los bienes de varias cofradías indígenas.
El segundo golpe vendría apenas 14 años después de la secularización de las parroquias, cuando los estancieros españoles residentes en Huamantla enfrentaron la resistencia del Cabildo Indígena para apropiarse de la tierra primero, y de la mano de obra, después. Huamantla desde fines del siglo XVI se había convertido en la segunda ciudad de importancia en la provincia, con una población española numerosa, cuyos intereses estaban más asociados con las vecinas regiones poblanas de San Juan de los Llanos, Nopaluca, Tepeaca y el valle de San Pablo.
Como los labradores alegaban que el "centralismo indígena" los asfixiaba solicitaron a la Audiencia de México en 1654, su separación de la ciudad de Tlaxcala y de su Cabildo Indígena, transformando el partido de Huamantla en un corregimiento español, en el que se designara un corregidor particular, un escribano público y alguacil mayor de los españoles, además de un gobernador y Cabildo para los naturales. A cambio de la independencia de Huamantla, los peninsulares ofrecían a la Corona un donativo de 4,000 pesos. Por contrapartida, el Cabildo Indígena acusó a los labradores de "vaciar" los pueblos para sus estancias, no sólo para explotarlos sino para despojarlos de sus tierras.
Advirtió también que los españoles de Huamantla eran unos advenedizos, cuyos títulos sobre sus propiedades eran ilegales y que trataban mal a los trabajadores de las haciendas. Sostenía que de proceder la solicitud de los españoles, descendería el tributo que pagaba la provincia; señalaba además que los seis pueblos del partido de Huamantla estaban habitados por naturales y que habían dado su reconocimiento al gobierno de la ciudad de Tlaxcala. Los pueblos a que se refería el Cabildo, fueron: Huamantla, San Juan Aichtempan, San Pablo Zitlaltepec, San Lorenzo Cuapiaxtla, Santiago y San Nicolás. El 24 de abril de 1654 el virrey de la Nueva España, Duque de Alburquerque, emitió sentencia en relación a la controversia, desechando la pretensión de los estancieros españoles. El Cabildo de Tlaxcala salió victorioso.
Los naturales de Huamantla le solicitaron a la Real Audiencia la elección de su alcalde provincial, demanda que les fue concedida el 19 de noviembre de 1741. La elección del alcalde provincial de Huamantla en estos términos, tuvo escasa resistencia del Cabildo Indígena de la ciudad de Tlaxcala. Este argumentó que tal alcalde siempre había sido designado por el propio Cabildo. Huamantla logró la elección directa de su alcalde provincial, quien continuaba formando parte del Cabildo Indígena de la ciudad de Tlaxcala, manteniéndose la unidad de la provincia.
La vida transcurría tranquila en la región. Pero una serie de acontecimientos se sucedieron hasta trastocar la vida apacible de la provincia: Tlaxcala y Huamantla, para la segunda mitad del siglo XVIII, dejaron de ser ciudades de población exclusivamente indígenas, al concentrarse en su seno una numerosa población española y criolla dueña de haciendas y ranchos, o bien de personal administrativo y operativo de las mismas, además de los dueños de obrajes.
La Independencia: La población indígena de Huamantla, que de una u otra forma había sido incorporada a la forma de gobierno colonial y resentían los controles y explotación que ejercía la población española, mostraron su simpatía por el movimiento encabezado por el cura don Miguel Hidalgo y Costilla, la madrugada del 15 de septiembre de 1810.
Para los huamantlecos no fue fácil su participación en las filas insurgentes, porque el centro realista de Puebla sofocaba rápidamente cualquier brote de disidencia. Pese a ello, los ciudadanos de Huamantla se unieron a las filas insurgentes de Vicente Gómez, quien tuvo varios enfrentamientos con el coronel De la Concha en Huamantla, Tlaxco y Calpulalpan. El principal intrigante fue el sacerdote Miguel Valentín, líder de la fracción de la diputación poblana, quien también se desempeñaba como cura de Huamantla. Este advenedizo no dudó en usar el ascendiente religioso que ejercía sobre los notables de Huamantla, arrastrando al propio Ayuntamiento hacia sus posiciones anexionistas. Convenció al alcalde y regidores, para que elaboraran y enviaran una "representación" al Congreso Constituyente, en la que daban su anuencia para la anexión de Tlaxcala a Puebla.
La representación del Ayuntamiento de Huamantla, fue apoyada por los Ayuntamientos de Tlaxco, Apetatitlán, Ixtacuixtla y San Dionisio Yauhquemecan, como consecuencia de la labor de proselitismo que llevaron a cabo los diputados tlaxcaltecas José Antonio Díaz Varela y el también sacerdote Manuel Bernal, quienes tenían intereses muy concretos como hacendados en la región de Tlaxco, además del rico comerciante de petatitlán, Fausto Zamudio.
Durante el proceso de Independencia, no se presentaron cambios sustanciales en los niveles de vida de la población de Huamantla. Aunque su territorio no fue escenario de enfrentamientos de importancia, la infraestructura caminera y los sistemas de irrigación, así como los almacenes y otras instalaciones sufrieron algunos daños y el abandono de su mantenimiento, con el consiguiente deterioro de los mismos.
Después de la derrota del ejército mexicano siguió la ocupación de las plazas estratégicas por el ejército invasor. Los herederos de Tlahuicole en Huamantla, escribieron una de las páginas más brillantes de la historia nacional al rechazar a las fuerzas invasoras norteamericanas que intentaron ocupar la plaza de Huamantla. Eulalio Villaseñor al frente de la guarnición y de los civiles de Huamantla, levantaron barricadas en las entradas de la ciudad y en los edificios más altos, desde donde repelieron los intentos de asalto. Las veces que las fuerzas enemigas se acercaron a las posiciones defensivas de los huamantlecos fueron rechazados, causándoles numerosas bajas. Ante la imposibilidad de tomar la plaza, los norteamericanos se retiraron a Puebla.
La Reforma: El presidente de los pronunciados Zuloaga, determinó que Tlaxcala volvía a la condición de territorio, declarando a Huamantla capital del estado, indicando que el jefe político sería nombrado por su gobierno. Esta declaratoria no tuvo efecto porque el 6 de enero de 1858, Guillermo Valle se había separado del gobierno del estado y el Congreso local designó a José Manuel Saldaña, gobernador interino, quien trasladó los poderes a Santa Ana Chiautempan, y posteriormente a la hacienda de Tzitzimapa, en las faldas de La Malinche.
Para coadyuvar a la defensa de tan importante plaza, los contingentes tlaxcaltecas se concentraron en la ciudad de Huamantla. El sitio de Puebla comenzó el 16 de marzo de 1863, habiendo durado setenta y dos días. A la toma de Puebla siguió la ciudad de Huamantla el 3 de septiembre de 1863. Posteriormente fue ocupado todo el estado.
En 1866 el general Juan N. Méndez nombró al general Antonio Rodríguez Bocardo, gobernador y comandante militar de Tlaxcala, estableciendo la sede política y militar en Huamantla. La ciudad y sus haciendas prestaron los recursos de que disponían para desalojar a las tropas imperialistas. En 1867 Rodríguez Bocardo, Lira y Ortega y Juan N. Méndez, ocupan la capital del estado, haciéndose cargo del gobierno Miguel Lira y Ortega. Restablecida la paz y habiendo tomado posesión como gobernador constitucional de Tlaxcala Miguel Lira y Ortega, Huamantla siguió siendo uno de los cinco distritos en los que fue organizado el estado.
La agricultura y la ganadería de Huamantla recobraron su pujanza con la inauguración del Ferrocarril Mexicano, permitiéndole el acceso al mercado de la ciudad de México, aparte de los de Puebla, Hidalgo y Veracruz, donde eran muy apreciados los cereales de sus haciendas.
El Porfiriato: El prefecto político era un poder intermedio entre el gobernador y los ayuntamientos de los municipios que integraban el distrito. Los ayuntamientos eran elegidos para un periodo de dos años. Don Próspero Cahuantzi con habilidad fue tejiendo una serie de equilibrios que le permitió mantener durante su administración la lealtad de los grupos políticos locales, entre ellos el de Huamantla.
Huamantla se vio beneficiada con el trazo del ferrocarril de la ruta México Veracruz, lo que le permitió comercializar la producción local. Huamantla no mostró una vocación industrial como otras regiones de Tlaxcala. Su larga experiencia agropecuaria en un bien cimentado sistema de haciendas continúo a lo largo del porfiriato, llegando los procesos de transformación al establecimiento de agroindustrias como los molinos de harina, etc.
Este apego por la tierra no sólo se demostró a través de estas adquisiciones, sino en la forma como evadieron la aplicación del reglamento de desamortización de bienes comunales, que obligaba a la parcelación de los mismos. Como la única forma de propiedad que permitía el reglamento era la ejidal, los pueblos de Ixtenco, Huamantla y Tzompantepec, no tuvieron ningún prurito en declarar ejidales los terrenos que habían usufructuado de manera comunal desde tiempos inmemoriales.
Las dificultades entre la hacienda de Santiago Brito y Huamantla continuaron. La hacienda estaba obligada a proporcionar determinada cantidad de agua potable a la ciudad de Huamantla, pero de manera unilateral decidió disminuir el suministro alegando que la cañería de la ciudad por la que se conducía el preciado líquido, estaba en pésimas condiciones, por lo que se desperdiciaba el volumen de agua. Nuevamente se recurrió al arbitrio del gobernador, quien favoreció los intereses de la población de Huamantla. Otras veces los conflictos entre los pueblos y las haciendas, surgieron por controversias sobre si los caminos que pasaban por las haciendas eran públicos o privados. El maíz, el trigo y la cebada eran producidos en su mayoría por las haciendas de Huamantla, también era importante productor de haba, alverjon y frijol.
Es obvio señalar que no sólo en Huamantla se habían formado clubes políticos para apoyar la reelección del presidente Profirió Díaz y del Coronel Próspero Cahuantzi.
La Revolución Mexicana: El viejo gobernador adquirió fusiles y parque para acabar con los focos de la rebelión, disponiendo que el 11 de febrero de 1911 fuerzas federales de Huamantla, Chiautempan y Zacatelco conjuntamente con el primer cuerpo de rurales, batiera a los rebeldes en toda la línea desde San Pablo del Monte hasta terrenos de Huamantla. Juan Cuamatzi, después de una breve pero exitosa campaña, cae prisionero, siendo fusilado el 26 de febrero de 1911.
En los primeros días de julio, la mayoría de los Ayuntamientos, entre ellos el de Huamantla, presentaron en masa su renuncia, de conformidad con la circular expedida por el ministerio de Gobernación, en la que recomendaba que se satisfaciera la opinión pública, designando autoridades que procedieran de los grupos revolucionarios.
Huamantla estaba dominada por los hacendados cerealeros y ganaderos más importantes del estado, quienes a decir de los campesinos, los obligaban a trabajar desde las cuatro de la mañana hasta las siete de la noche; el pago de sus jornales seguía siendo mediante fichas para intercambiarlas en la tienda de raya.
El 3 de julio de 1913 fue atacada la hacienda de San Diego del Pinar del municipio de Huamantla por una partida de zapatistas que dieron muerte, entre otros, al español Jesús Lovin Ruíz. La hacienda nuevamente fue atacada el 29 de septiembre cuando grupos revolucionarios huían de la persecución de los federales al mando del mayor C. Amado Navarro, intentaron apoderarse de las instalaciones de la hacienda para hacerse fuertes.
En abril de 1914 ocurre la invasión norteamericana al puerto de Veracruz. Huamantla, la heroica ciudad, de inmediato se puso en actividad organizando bajo la bandera de la Cruz Blanca un hospital de sangre. Afortunadamente los invasores se retiraron sin que fuere necesario el concurso de los mexicanos para expulsarlos del país.
El 4 de agosto los constitucionalistas analizaban los planos de Tlaxcala, Apizaco, Huamantla y Tlaxco. El día 20 de agosto entraban las fuerzas revolucionarias a la plaza de Tlaxcala El 26 de agosto entraba en Huamantla un contingente revolucionario Cuéllar Abaroa, Crisanto. al mando del mayor Santiago Hernández, perteneciente al ejército del noroeste bajo el mando del general Pablo González, con el objeto de guarnecer a la población.
Durante el informe del gobernador provisional saliente, general Luis M. Hernández, se refirió al problema entre Huamantla e Ixtenco sobre la propiedad de una extensión de monte de La Malintzi, que se encontraba en disputa. También hacia referencia a la reorganización del hospital de Huamantla, a la que había ayudado el Ayuntamiento de la ciudad.
Época Contemporánea: Poco a poco Huamantla regresaba a la apacible vida de provincia, sin que ello implicara inacción. Por el contrario, en 1942 se estableció la planta industrializadora de leche en polvo y crema de la empresaria Ana María Rico y la fábrica de galletas Isabel, sucursal de la de Puebla, años más tarde funcionarían la empacadora Silva, S.A de C.V., dedicada a la producción de embutidos de cerdo; Fertilizantes de Tlaxcala S.A., dedicada a producir insumos que requieren los campos de la región para auxiliar a la productividad de las siembras y "Super Mole Huamantla" fabricante de mole y pipían en pasta. "Delpeyrat" con cuarenta operarios empaca las piñas y peras provenientes del golfo; "Mercado de Pestañas, S.A.," también da ocupación a más de sesenta mujeres produciendo los elementos necesarios para el embellecimiento de las mujeres; mientras que Industrial de Huamantla S.A., dedicada a la confección de blancos, produce sábanas, manteles, pañales, etc., propiedad de Francisco Martín del Campo Chávez, quien da ocupación a 134 trabajadores; industrias de Huamantla, S.A., se dedica a la confección de ropa fina para dama. A estas industrias habría que agregar Industrial Fotográfica de Tlaxcala S.A., que da trabajo a cuarenta hombres y mujeres.Uno de los medios de comunicación más apreciados por los huamantlecos es la estación de radio XEHT, "La Voz de Tlaxcala" desde Huamantla, que hizo su primera emisión "al aire" el 20 de noviembre de 1949.